神无月的巫女电影发生在电视剧大结局7年后。在电视剧最终回中，哲雄藏在山中的尸体因山体滑坡而被发现。警察断定这是一起凶杀案，成为刑警被分配到警视厅搜查一课的爱女零花，开始向哲雄投以疑惑的目光。另一方面，洼等半堕落犯罪组织再次将目标锁定在哲雄身上并开始行动。并且，曾经掉进哲雄的陷阱，被诬陷并过着逃亡生活的恭一也再次出现了。“杀人犯的父亲”vs.“警察的女儿”vs.“半堕落犯罪组织”，继电视剧的大危机之后，电影中更加陷入绝境。为了守护深爱的家人，父亲的最后一战拉开了帷幕。