圣母在上第二季公元一六四三年，满清入关取缔政权，为求控制大局，严禁士子结社集会，不许百姓练武，到处搜捕武林高手，反抗者格杀勿论，令天下大乱。隐居天山山脉一带的剑术高手傅青主、张煌言、武元英往寻天山名宿晦明禅师商议拯救中原。晦明禅师得知天下黎民受清軍铁蹄蹂躏，遂派杨云骢、辛龙子、楚昭南及穆郎，四徒，连同三侠，七剑下天山！七剑侠下山会合民间庞大组织的正义力量“天地会”，四处和清兵对抗。一次因行踪败露，七剑被迫分道扬镳……